瓦剌卫拉特部首领马哈木拥立忽必烈之弟阿里不哥的后裔德勒伯克为全蒙古大汗时，阿鲁台则拥立了科尔沁部阿岱台吉，亦称全蒙古大汗，阿岱台吉是成吉思汗弟弟合撒儿的后裔。
阿岱汗封阿鲁台为太师，可惜阿岱汗和阿鲁台最终未能击垮瓦剌卫拉特部，并遭受瓦剌东进的威胁。
永乐中期，阿岱汗和阿鲁台率领一部分科尔沁人东迁，到达大兴安岭以东的嫩江流域驻牧，从此这部分科尔沁人就以“嫩江科尔沁”之名著称，仍然留驻原地的科尔沁人，则被称为“阿鲁科尔沁”。
阿岱汗和阿鲁台之所以让那些科尔沁人迁到这一地区驻牧，是因为兀良哈地区的一些蒙古贵族和阿鲁台的关系较为亲密，有的人还同阿鲁台结为儿女亲家，阿鲁台军队中有相当数量的士兵是征自兀良哈三卫。
而且，在阿鲁台遭到明朝永乐皇帝进攻时，兀良哈三卫曾给过他多次援助。
当然了，也不是所有的蒙古贵族都甘愿服从阿鲁台的控制和调遣，驻牧嫩江流域的福余卫的蒙古贵族在科尔沁部进入其驻地时为了保护牧区奋起反抗，结果遭到了阿鲁台的镇压，不仅人畜被掠夺，而且一部分蒙古贵族放弃驻地逃往海西女真地区避难。
因此，在兀良哈三卫中，福余卫与鞑靼之间的关系是最为糟糕的，这与它所在的地理位置有关，福余卫处在兀良哈地区的北部，拥有嫩江流域的广阔牧区，而科尔沁部正好迁到了嫩江流域，双方不可避免地爆发冲突。
对于科尔沁部的东迁，不仅福余卫，泰宁卫和朵颜卫也颇为不满，原因很简单，科尔沁部东迁时兀良哈三卫还未南迁，三卫的驻牧地怎容得下骤增的科尔沁部众。
况且，兀良哈三卫虽然与鞑靼关系不错，曾经还出兵帮助阿鲁台攻打瓦剌，但是他们同时也担心被鞑靼吞掉，因此对科尔沁部东迁持抵制态度。
另外，无论是大明还是瓦剌都不会坐视科尔沁部东迁到兀良哈地区
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